Учитывая выделенные синдромы в круг дифдиагноза можно включить следующие заболевания: сальмонеллез, дизентерия, пищевая токсикоинфекция. Для дизентерии характерен непродолжительный инкубационный период (1-3 дня), острое начало, с резким повышением температуры, возникновением схваткообразных болей по ходу толстого кишечника, ложных позывов, жидкого стула, вначале обильного, затем скудного, с примесью слизи и крови, быстро развивается общая интоксикация, таким образом клиника разгара заболевания не соответствует клинике, имеющейся у данной больной, однако возможен атипичный вариант дизентерии, поэтому окончательно исключить этот диагноз можно после бакисследования кала.

Для пищевых токсикоинфекций характерен очень короткий (2-6 часов) инкубационный период, острое начало, резкое повышение температуры, появление тошноты и многократной рвоты, поноса, характер стула чаще энтерический, также появляются боли в эпигастрии и по ходу тонкого кишечника, общая интоксикация умеренно выражена, затем температура довольно быстро нормализуется, явления гастроэнтерита стихают, таким образом клиника пищевой токсикоинфекции имеет довольно много сходства с клиникой у данной больной, поэтому исключить этот диагноз можно лишь на основании бакисследования кала.

Для сальмонеллеза характерен непродолжительный инкубационный период, острое начало, с резким повышением температуры, интоксикацией, развитием    гастроинтестинального синдрома, клиника у данной больной полностью совпадает с клиникой гастроинтестинальной формы сальмонеллеза, так же подтверждением является зеленая окраска кала, однако требуется подтверждение бактериологическим исследованием кала.